Secara garis besar Struktur PPID pada Kementerian Agama dikelompokkan menjadi dua yaitu Struktur PPID Kementerian Agama dan Struktur PPID pada masing-masing unit di Kementerian Agama (PPID Unit), dimana dalam pelaksanaannya PPID Unit dibantu oleh Panitia Pengelola dan Pelayanan Informasi pada setiap satuan kerja.